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O processo de reforma incluiu a recuperação da fachada, a reconstrução das instalações elétricas e hidráulicas, e o restauro de parte do mobiliário interno. O responsável pelas obras é o empresário Claudio André Castro, nomeado pela Arquidiocese do Rio como comissário administrativo da Irmandade dos Mercadores. A igreja, que tem estilo rococó e barroco, é tombada pelo Instituto do Patrimônio Histórico e Artístico Nacional (Iphan).
As primeiras reformas que se tem notícia foram feitas entre 1869 e 1873, quando houve uma alteração considerável do edifício, que ganhou aparência neoclássica. Entre as novidades estavam o frontão triangular e a torre sineira, e a abertura de nichos para receber estátuas.
Em 1893, durante a segunda Revolta da Armada, uma bala de canhão atingiu a torre sineira. Parte da estrutura e uma imagem de Nossa Senhora da Fé caíram de uma altura de 25 metros. Não houve danos significativos à imagem, o que na época foi visto como um milagre divino pelos fiéis. A sacristia guarda o projétil e a imagem até hoje.
Uma nova reforma aconteceu em 1997, a partir de um investimento de R$ 854 mil do Banco Nacional de Desenvolvimento Econômico e Social (BNDES). O restauro dessa vez incluiu, além da modernização das instalações prediais, a cobertura e a abóbada da capela-mor, as talhas de madeira policromada, as pinturas artísticas em tela, os ornamentos e as policromias originais.
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